Creative Cloud®版であれば、付属のCS6パージョンでもインデザインやクオークエクスプレスのように、配置画像を収集する機能として「パッケージ(「ファイル」→「パッケージ」)」機能があります

それ以下のバージョンで(CS3以降)ではアプリケーション付属のスクリプトとして、基本的にインストールされるようです。
簡単に利用できますので、お使いになってはいかがでしょうか?

サンプルスクリプトを使用して配置画像を収集する方法(Illustrator CS4/CS5)

他にも無料・有料のアプリケーションがあるようですが、バンドルされているので安心できると思います。